1．加流路過濾器和保護柱

流路過濾器緊靠進樣閥后面，位于分析柱前。

0.5μm燒結不銹鋼片夾在死體積很小的套子中，擋住來源于樣品和進樣閥墊圈的微粒入柱。

因為每個樣品都過濾既費事又帶來誤差，樣品量少過濾更困難，因此流路上裝過濾器是比較省事的辦法。

也可以在流路加上保護柱，放在流路過濾器和分析柱之間，或者代替流路過濾器。

保護柱的使命是收集阻塞柱進口的來自樣品的化學“垃圾”。

這程垃圾最終隱藏低柱效能。保護柱應該是小體積，用分析柱的同種填料填裝。

保護柱使用得當，對分離無影響，好像未裝保護柱一樣。有些廠商的商品將保護柱都是用短柱、不超過3cm長，內徑2～3mm，用較大粒度的填粒（15～20μm）干法填裝，會使分析柱的效能有所降低。

2．避免高壓沖擊

一般色譜柱都能經得起高壓，但經不起突然變化的高壓沖擊。引起高壓突然沖擊，主要是因樣品閥的緩慢轉動、泵起動快，柱切換操作等。

前面已討論過，轉動六通進樣閥時從泵到柱的液流會瞬時切斷。

在閥的泵側壓力升高，在閥的柱側壓力降低（變化超過20%）。

閥轉到底后壓力突然沖擊一下恢復正常，手動進樣閥的變化不大，自動進樣閥比較慢，可能造成壓力沖擊，可用氦氣代替空氣驅動進樣閥，因氨壓縮系數小。

另外泵起動不應過快，可分步操作。

如用3ml/min流速，先從1mL/min到2mL/min，然后再3ml/min，每個間隔應大于20s。

色譜柱切換技術的應用也很廣泛，切換過程中在色譜柱的入口處壓力在零到很大數字之間變化，會很快使柱報廢。

3．分離條件

多數色譜柱有很寬的試驗條件范圍，但具體應用又受到限制，主要是pH值、柱溫和流動相的選擇。

硅膠為基質的鍵合相要求pH在2.5～7之間，極端pH的流動相能“溶解”硅膠，使鍵合相流失，結果非堿性組分峰變寬。

如果一定要用高或低pH的流動相，可加預柱（飽和柱）。

預柱裝在泵和進樣閥之間，用分析柱相同的填料填裝，或者用普通硅膠。

硅膠飽和了流動相，減少了分析柱填料的損失。

預柱不要求柱效高，用價格低的一般硅膠疏松地填裝，按期檢查硅膠的溶解情況。

用預柱也有不利的影響，即新流動相難以平衡，保留時間不穩定或穩定慢。

使用了預柱一定要加流路過濾器，以防止硅膠微粒引起的麻煩。

以硅膠為基質的柱和陰離子交換柱超過60℃后，會增加對流動相中化學物質的吸附。

在高溫下用小顆粒柱引起柱床塌陷，降低柱效，改變峰形。

在4℃以上使用3μm柱，70℃以上使用5μm柱，會使N值降低50%。

有些流動相中的溶劑不能用于某些柱，如小顆粒的聚苯乙烯填料不能用于非水的排阻色譜。

另一方面，有些柱與某些溶劑（如四氫呋喃）一旦達到平衡，不要隨意改用其它溶劑。有關這些特殊填料，可以參見有關資料。

水溶性流動相會引起微生物生長而造成阻塞柱。

菲羅門色譜柱應存放在純有機溶劑或加了50%有機溶劑的水中。

凝膠柱可存放在水溶性緩沖液中，同時加0.01%疊氮鈉以防止微生物的生長。