流動相所用的各種溶劑至少是分析純，盡量使用色譜純試劑。

流動相所用的水要是超純水或全玻璃器皿雙蒸水。

用前先用0.45um溶劑微孔過濾(器)過濾，除去可能存在的微粒。

流動相建議現用現配，對于含鹽的溶液尤其注意長置會產生細菌或出現沉淀。

此外還得保證儲存流動相的容器清潔。

復雜樣品可選用0.45um溶劑微孔過濾(器)或樣品預處理柱對樣品進行預處理，確保樣品中不含微粒雜質。

若樣品不便處理，要使用保護柱。

柱內填料污染時，可將柱頭螺絲卸下，用專用工具挖出柱內前段被污染填料，再以相同的填料重新填入，修復。

或以能溶解污染物的流動相按色譜柱使用的相反方向，沖洗色譜柱(約20至30倍柱體積，或視具體情況而定；另外，此時不能接檢測器)，將污染物沖出色譜柱，再按色譜柱標明的使用方向使用。
 

適當減小進樣量或樣品濃度(需要時，可提高檢測器靈敏度)直至峰形和保留時間不再改變，便可消除這種不良影響。

減小進樣量還能改善其分離度。正常情況下，樣品中每種化合物在150×4.6mm柱中進樣量保持在3～50ug范圍內，不會引起明顯超載。
 

柱外效應(即進樣閥、色譜柱及檢測器間的管路過長、直徑過粗、管路接頭不匹配、有死體積)是影響色譜柱柱效的主要因素之一。

所以在可能的條件下，色譜柱的兩端連接管路要盡可能短，連接管內徑盡可能細小，切口務必平整光滑，盡可能的減小死體積，以防止因樣品擴散造成不能反映色譜柱真實柱效等情況發生。
 

仔細分析色譜柱內填料表面性質可知：反相色譜柱填料的表面大約被鍵合相覆蓋了一半，其余的就是未被鍵合的硅醇基團。

所謂的保留是指樣品分子與鍵合相相互作用的結果。

但是，酸性或堿性化合物與硅膠表面殘存的硅醇基團或金屬雜質之間相互作用而引起雙重保留機理，因此，發生了峰形拖尾。

為了減小峰形拖尾，通常可在流動相加入25mM三乙胺(抑制劑)。三乙胺能與硅醇基團發生強烈的相互作用，從而降低或阻斷樣品分子與硅醇基團的作用，以保證保留機理正常進行，并大大緩解了峰形拖尾。使用長鏈的硅醇基抑制劑，雖起效較慢，但持續力較三乙胺長。

因為抑制劑分子中除了胺基與硅醇基團發生極性作用外，大分子中非極性部分與固定相也會發生反相作用而產生保留現象。如果將抑制劑加至樣品中，效果會顯著。
 

柱內金屬污染(Fe，Ni等)可引起某引些化合物峰形拖尾。金屬可由填料本身帶進，也可由腐蝕性流動相緩慢溶解柱進口的金屬濾片，隨流動相沉積到柱填料中。

例如C18柱填料被金屬污染后，造成酸性/堿性樣品拖尾，可用堿洗/酸洗后再鍵合的填料，得到的峰是尖銳且對稱的。